Por mais de uma década, Murakami chefiou as instalações de cristalografia macromolecular da fonte de luz síncrotron brasileira. Desde 2018, é diretor científico do Laboratório Nacional de Biorrenováveis do Brasil. Sua pesquisa atual está centrada na descoberta, compreensão mecanicista e projeto de enzimas biotecnologicamente relevantes, incluindo esforços de engenharia genética em fungos filamentosos para aumentar a produção de enzimas. Murakami também traduz ativamente sua experiência científica em impacto social, liderando projetos de inovação em P&D de longo prazo em colaboração com empresas de biotecnologia.