Dados do Trabalho

Título

ANALISE COMPARATIVA DE FERRAMENTAS DE PREDIÇAO DE ILHAS GENOMICAS

Fundamentação/Introdução

As ilhas genômicas são regiões que se diferem do restante do genoma em organimos procariotos contendo material genético distintos. Em bioinformática as ferramentas para predições de ilhas genômicas utilizam duas metodologias principais: Análise comparativa, que busca identificar regiões atípicas em sequências de organismos próximos e análise de composição de seqüências, que avalia e relaciona o conteúdo genético com as demais regiões do genoma. Os genes presentes nas ilhas genômicas são tipicamente agrupados para realizar funções específicas nas bactérias, desempenhando um papel importante na evolução, adaptação e diversificação dos genomas bacterianos. Mesmo com a disponibilidade de muitas ferramentas de predição para realizar análises, ainda há necessidade de estratégias mais eficientes abordando mais de uma metodologia.

Objetivos

Pretendemos neste estudo avaliar quantitativa e qualitativamente os preditores de ilhas genômicas.

Delineamento e Métodos

Para avaliar as ferramentas foram utilizados como conjunto de teste oito genomas completos de organismos com características distintas e pertencentes a diferentes famílias. Os preditores foram escolhidos de acordo com o tipo de análise e método utilizado, similaridade na construção do pipeline e com a relevância e aplicabilidade em estudos anteriores. O organismos Escherichia coli CFT073 foi usada como controle e os resultados das predições destas ilhas genômicas foram curados manualmente. Utilizamos o software Artemis para analisar cada ilha predita. O algoritmo BLASTp foi utilizado para comparar os resultados e avaliar semelhanças e diferenças entre as predições.

Resultados

Comparamos o resultado total de cada preditor realizando um levantamento considerando os principais produtos (tRNA, integrases, transposases, proteínas hipotéticas e número de CDS na região. A análise dos resultados com o organismo Escherichia coli CFT073 revelou que GIPSy produziu os melhores resultados, cobrindo cerca de 91% da composição e regiões das ilhas, seguido por Alien Hunter (81%), IslandViewer (47,8%), Predict Bias (31%) , GI Hunter (17%) e Zisland Explorer (16%).

Conclusões/Considerações Finais

As ferramentas com melhor desempenho foram Alien Hunter, IslandViewer4 e GIPSy. Para um melhor desempenho na predição de ilhas genômicas, recomendamos combinar estas três ferramentas, pois quando utilizadas em conjunto, as análises são complementadas devido às diversas metodologias integradas.

Referências

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Palavras-chave

Bioinformática
Ilhas Genômicas
Ilhas de Patogenicidade

Área

Tema livre